Після проведення комплексу необхідних клініко-лабораторних досліджень (ендоскопічне обстеження з подальшим морфологічним дослідженням біоптату, УЗД органів черевної порожнини, клінічний аналіз крові, клінічний аналіз сечі) лікар-гастроентеролог вибирає потрібну тактику лікування. Як правило, при лікуванні неспецифічного виразкового коліту обмежуються консервативною терапією, яка складається з індивідуальних рекомендацій щодо харчування та медикаментозної терапії (5-аміносаліцілати, глюкокортикоїди, за необхідності імуносупресори, антибактеріальні та антицитокінові препарати), спрямованої на усунення запалення і загоєння виразкових дефектів. Обов’язковим елементом медикаментозного лікування є симптоматична терапія (антидіарейні засоби, дієта з підвищеним вмістом білка, препарати крові під час кровотечі або анемії, електролітичні розчини та повне парентеральне харчування при ускладненому перебігу хвороби).
У разі виникнення таких ускладнень, як перфорація, пенетрація в сусідні органи та тканини, кровотеча, лікарі вдаються до хірургічного лікування. Нині для лікування НВК застосовуються такі хірургічні втручання, як колектомія (видалення всієї товстої кишки), резекція товстої кишки (видалення її частини) та проктоколектомія (видалення ободової та прямої кишки).